Ok, allora sembra che sia proprio il batch che non parte.
Niente, se hai voglia di perdere un pochino di tempo per capire cosa non và, puoi fare altre prove:
Una te l'ho già scritta sopra.
Un'altra è quella di applicare il file d'impostazione a tutte le foto che desideri e trasformare in JPG in due tempi (lo sò che è più comodo l'altro metodo, ma cerchiamo d'individuare cosa non và).
1. Il file impostazione, mi sembra di capire che già ce l'hai, quindi, basta che vai sul browser, selezioni tutte le foto che desideri, poi click destro e, dal menù a discesa, selezioni "Carica impostazioni". Una volta applicate, riselezioni il tutto e trasformi in JPG.
2. Stessa procedura di prima per le impostazioni, ma poi, per trasformare in JPG utilizza il tuo metodo iniziale (passando dalla voce di menù "Batch".
3. Se in uno di questi due modi funziona, riprova ad eseguire la tua procedura ... magari s'è messo a posto qualcosa (era successo in passato per alcune versioni del viewer)
4. Rimuovi CNX2, pulisci tutto il registro e reinstalla l'ultima versione (
a proposito, non hai mai detto quale versione stai usando 
).
Ciao,
Alessandro.