Ciao meialex1,
innanzitutto grazie per la risposta accurata.
Oggi ho lavorato su windows (di solito utilizzo il mac) ma ho ottenuto lo stesso risultato: aprendo la cartella immagini con VIEW NX riesco a vedere quali nef hanno anche il jpg, mentre con CAPTURE NX no.
Molto strano, è dal 2007 che uso capture nx e non ricordo di aver avuto questo problema.
Ti spiego in dettaglio come procedo, probabilmente commetto qualche errore nel processo di conversione:
1. estraggo la scheda dalla D90 e trasferisco i file nef in una nuova cartella
2. apro la nuova cartella con view nx e classifico i file
3. chiudo view nx e apro capture nx (su windows ho la versione 2.2.4 su mac ho l'ultima versione)
4. apporto le dovute correzioni ai singoli file con capture nx. Uno alla volta, dopo aver apportato le correzioni salvo e chiudo il file, e vado avanti con il successivo file.
5. terminate le correzioni seleziono tutti i file che voglio trasformare in jpg, dal menu "file" seleziono "salva con nome" ...si apre la maschera dove seleziono "usa cartella di origine" e "usa nome di origine"...seleziono il formato di output "jpg", lascio il flag su "incorpora profilo ICC", quindi clicco su "avvia"
6. terminata l'operzione chiudo tutto. Apro view nx e trovo correttamente indicato quali file sono stati trasformati in jpg, infatti è visibile il simbolo del doppio riquadro; ok, chiudo view nx. (se in view nx clicco il tasto dx e scelgo "apri" mi chiede se voglio aprire il nef o il jpg, a riprova che vi sono entrambi)
7. Apro Capture NX, seleziono la cartella corretta, seleziono il tipo di visualizzazione "tutte le immagini" e seleziono il doppio rettangolo (visualizza jpg + nef in una sola immagine) ma le immagini nef e jpg non vengono riunite in una singola immagine.
ora, sinceramente , non so che fare. E' molto probabile che nel mio flusso di lavoro dimentico qualche passo importante. Utilizzo Capture da alcuni anni, e non ricordo di avere avuto mai questo problema. Questa sera quando rientro a casa voglio verificare se anche i vecchi file già lavorati l'anno scorso hanno questo problema oppure no.
Non so se c'è qualche impostazione specifica che ho dimenticato di settare, anche se non mi sembra.
speriamo di risolvere

grazie in anticipo,
Graziano