Nino, il punto 1) è così per tutti. Il viewer è un software mooolto meno potente del Capture e, quindi, moltissime delle funzioni presenti nel secondo, non sono implementate nel primo come modifiche, ma, ovviamente, è possibile visualizzare: E ci mancherebbe altro, visto che uno è a pagamento e l'altro no.

Poi, onestamente, che ti senve a fare convertire in ViewNX2 se possiedi anche il Capture? Una volta finito di elaborare, lanci un batch e passa il problema.
Per il punto 2), non sei l'unico che si lamenta della cosa (vedi anche discussione in evidenza dedicata proprio alla nuova versione di ViewNX2), ma sembra che non si riesca a capire la cosa. Immagino tu abbia aggiornato il tuo PC con l'ultima versione del QuickTime...ad esempio, sul mio MAC, la dissolvenza funziona.
Ciao,
Alessandro.