Ciao e benvenuto,
non sono chiari i termini della questione, almeno, io non ci ho capito niente...

Una errata rappresentazione del colore implica, tendenzialmente, un errore nella gestione del colore.
Più che una foto d'esempio dovresti chiarire, sia per CS4, sia per NX, quali sono i passaggi che compi dall'apertura del NEF al salvataggio Jpeg.
Sono peraltro due software con una gestione colore sostanzialmente diversa.
Camera Raw di CS4 permette la definizione "al volo" dello spazio colore da attribuire al TIFF/Jpeg durante la conversione. Fatta la conversione, in base alle impostazioni di gestione del colore di CS4, "comanderà" lo spazio colore di lavoro ed in base alla "policy" scelta in caso di mancata corrispondenza degli spazi colore ci saranno differenti operazioni.
Meglio sarebbe vedere uno screen-shot delle impostazioni colore di CS4.
NX, salvo diversa indicazione nelle opzioni, apre il NEF nello spazio colore definito on-camera e tale e quale, salvo conversioni (regola>profilo colore), lo trasferisce al TIFF/Jpeg.
La successiva apertura del file in CS4 comporta le stesse "evenienze" sopracitate per il passaggio da ACR a CS4.
Quindi è necessario chiarire con quale spazio colore vengono gestiti i NEF in NX.
E ancora, non è chiaro quale sia il software di visualizzazione con cui determini l'avvenuta modificazione dei colori, della saturazione e dei dettagli (?). E' molto diverso aprire un'immagine con Photoshop o col visualizzatore
skif di windows...
Poi parli di 16bit, ma non fai menzione di TIFF (il Jpeg a 16bit non può esistere..)...
Spiegaci meglio, va!?

bye