Premetto che non ho mai usato Picture Project, ma da quanto dici il problema non è legato ad esso.
Se non ci mostri quanche scatto con i dati EXIT o, meglio ancora, un NEF tramite
mediafire credo sarà difficile darti una risposta.
Non capisco invece il problema della scheda; puoi tranquillamente salvare i file su HD (meglio in doppia copia) e poi svuotarla.