Sono due strumenti che, seppur con qualche area comune, hanno finalità diverse.
Captrure è per l'ottimizzazione del file NEF.
La vocazione di Photoshop è il fotoritocco.
In sostanza, due strumenti complementari.
Il mio flusso di lavoro prevede di sfruttare al massimo Capture per applicare il Bilanciamento del bianco (o la sua modifica), curve, contrasto, eventuale modifica di saturazione (anche in modo selettivo), eventuale maschera di contrasto, etc...
Fatto tutto ciò, salvo in Tiff e passo a Photoshop: Un software, a mio avviso, insostituibile. ...Anche Capture!

Vorrei aggiungere che questa procedura è comune a qualunque situazione del genere.
Quando utilizzo il Dorso Digitale Hasselblad, procedo col medesimo flusso.
Prima ottimizzo il file Raw in ambiente FlexColor (analogo del Capture) poi, dopo il salvataggio in Tiff, ...Photoshop.