Se il tuo computer

ha un processore veloce e tanta RAM, effettua le scansioni a 16 bit ed avrai così immagini a 48 bit.
Finchè puoi lascia sempre le immagini a 48 bit e salvale sempre in formato tif (mai jpg

).
Dico finchè puoi perchè se vai a fare qualche correzione o elaborazione e per queste funzioni non sono ammesse immagini a 48 bit, allora sei costretto a convertirle a 24 bit. Una volta convertite, non ha più senso riconvertirle a 48 bit.
Se le immagini devono essere utilizzate su internet o su monitor, è inutile lasciarle a 48 bit, puoi tranquillamente convertirle a 24 bit e per internet salvale pure in formato jpg.
Riguardo ai "bit persi" nella conversione, capisco che sembrano concetti astrusi

, dal momento che si parla di sistema di numerazione binario e noi usiamo il sistema decimale, ma anche gli antichi Romani avevano un diverso sistema di numerazione.
In termini pratici una immagine a 48 bit ha molte più sfumature di colore rispetto una a 24 bit, ma queste sfumature sono così sottili che non tutti i sistemi di visualizzazione riescono a riprodurre.
Per quantificare, ogni colore è ottenuto dalla combinazione dei tre colori primari (rosso, verde e blu).
In una immagine a 24 bit ognuno di questi colori primari ha 256 gradazioni, in una a 48 bit le gradazioni per ogni colore primario sono invece 65536.