Ciao Bin!
La premessa è che non esiste "il" flusso di lavoro corretto in assoluto, come sempre (o quasi) sono le preferenze personali (anche spinte dalla "occhiometria") a comandare. Ci sono però una serie di accorgimenti che possono rendere "qualitativo" e "fluido" anche il flusso di lavoro più "contorto"...
Schematicamente...
MODO I : E' un esempio di flusso "contorto", dato che prevede l'utilizzo incrociato di diversi software, ognuno dei quali potenzialmente (firma a parte) autosufficiente nello svolgimento dell'intero flusso.
- Apertura NEF con NX2 (suppongo per beneficiare del mantenimento delle impostazioni on-camera, della correzione automatica delle aberrazioni e della resa "Nikon-like"), minimo "sviluppo" del file e salvataggio Jpeg.
[ Il Jpeg è un formato compresso, 8bit, soggetto a deterioramento a seguito di salvataggio multiplo, meglio sarebbe salvare un TIFF, meglio ancora se 16bit)
- Importazione Jpeg [TIFF] in LR per interventi su colore, contrasto, etc ed esportazione in Jpeg [TIFF].
- Apertura file in PS per firma e info-file e salvataggio finale.
Problemi: Jpeg con salvataggio multiplo. Tre passaggi software con possibilità di errori nella gestione del colore. Utilizzo ampio di risorse (cache NX2, catalogo e cache LR, 3 files intermedi..). Correzione colore, contrasto, etc. effettuati su immagine bitmap e non su immagine RAW, con conseguenti limitazioni operative e perdite di informazioni.
Flusso alternativo: Capture NX2 -> TIFF 16BIT -> Photoshop -> Jpeg.
MODOII: Più (ma mica tanto

) equilibrato, con "soli" due passaggi software del tutto "compatibili" tra loro, anche se...
La resa di un file RAW viene determinata dal software in uso. Niente (ad eccezione dell'esposizione) viene determinato e fissato allo scatto.
I software non-Nikon non riconoscono le impostazioni on-camera, ad eccezione di Esposizione e WB, quindi tutte le regolazioni pre-scatto andranno perse. La rappresentazione iniziale del RAW, quindi, è dovuta all'impostazione di default del software utilizzato, che interpreta il RAW "a modo suo".
Il cambio di resa che osservi è dovuta all'aggiornamento della visualizzazione dell'immagine. In un primo momento viene mostrato il Jpeg interno al RAW che ovviamente rispecchia la impostazioni della fotocamera, dal picture control al D-lighting, etc. ). Dopo qualche secondo la rappresentazione visiva del file rispecchierà l'interpretazione Adobe (in questo caso) del RAW. Giusto il tempo di elaborazione.
In LR2.3 sono disponibili (nel pannello calibration) i CameraProfiles Nikon-like che "emulano" i Picture Control Nikon e forniscono una resa di partenza molto simile al Picture Control originale.
Le modalità di importazione in LR sono anch'esse abbastanza personali e hanno a che fare anche con il tipo di "organizzazione hardware" del proprio sistema. Personalmente (e credo la maggior parte degli utilizzatori) importano le immagini senza muoverle dalla loro posizione sull'HD e senza creare dei duplicati. L'immagine verrà "letta" dal percorso "sorgente" mentre regolazioni e miniature saranno archiviate all'interno del "Catalog".
Alternative: Apertura diretta dei NEF in Photoshop, tramite ACR (Camera Raw) con le medesime funzionalità di LR (Il motore di Camera RAW è condiviso tra i due software), apertura del TIFF diretta con Photoshop, regolazioni accessorie e salvataggio finale. In questo caso si fa tutto con un solo software. Si perde eventualmente la "catalogazione" di LR, che però può essere fatta sui files definitivi, anche se esistono software più adatti alla vera catalogazione "on-line" e "off-line".
Mi scuso per l'approssimazione delle spiegazioni, l'argomento è vasto, le variabili moltissime...ed il tempo era poco.

Può essere un inizio...intanto ti invito a fare una ricerca nel forum, in questa stessa sezione, troverai che l'argomento è pluritrattato e abbondantemente sviscerato. Magari non troverai risposte dirette ai tuoi interrogativi, ma troverai molti spunti per "mettere a fuoco" meglio la situazione e riprendere la discussione...
bye.