Ho la D300 e non conosco la D90 (quel poco che so l'ho letto su queste pagine).
La scelta dovrebbe ricadere sulla D300(s) se hai bisogno di un AF performante, se vuoi utilizzare le ottiche Ai senza perdere l'uso dell'esposimetro e si ami i corpi robusti e pesanti.
Ci sono anche altre funzioni che potrebbero essere utili, tra queste la possibilità di effettuare la taratura fine dell'AF (potrebbe tornare utile).
Per quanto riguarda la facilità di accesso alle funzioni non so come stia messa la D90, però sembrerebbe che la resa agli alti ISO sia leggermente migliore rispetto a quella della D300s.
Metti tutto sul piatto della bilancia, se con i soldi risparmiati riesci a prendere un obiettivo non sarebbe male
P.S. Personalmente prenderei la D300s.