Volendo tu correggere solo una parte dell'immagine, le nuvole , la devi delimitare, essendo l'elemento complesso non puoi usare il "lasso", sarebbe poco pratico, prova dal menù Selezione>Intervallo colori, aggiustando il tiro con i contagocce + e -, ci sono metodi ancora più precisi ma più complessi, anche così dovresti riuscire..
Una volta scontornate le nuvole apri un livello di regolazione a tua scelta, che sò un bianco nero

luminosità-contrasto

P.S. T'informo che il sensore della tua D3000 ha bisogno di una pulita..

..ciao